Việc sử dụng ethanol làm nhiên liệu đang vấp phải nhiều phản đối vì dùng lương thực làm nguyên liệu sản xuất. Trong bối cảnh toàn cầu vẫn có nhiều nơi thiếu lương thực và thiếu nước, việc sử dụng lương thực để sản xuất nhiên liệu phục vụ việc sử dụng xe hơi ở các nước phát triển quả là điều khó chấp nhận được. Các loại nhiên liệu từ lương thực được gọi là nhiên liệu sinh học thế hệ thứ nhất.
Trước sự tẩy chay nói trên, nhiều tập đoàn năng lượng quốc tế đang tập trung nghiên cứu sản xuất nhiên liệu sinh học thế hệ thứ hai từ các phế phẩm của nông nghiệp, công nghệ chế biến gỗ, chế biến thực phẩm và rác thải. Trong giai đoạn thí điểm, nhưng thế hệ nhiên liệu sinh học mới được dự đoán có thể sản xuất công nghiệp vào khoảng năm 2015.
Nhiều sơ đồ tổ chức sản xuất dạng nhiên liệu này đang được nghiên cứu ở châu Âu để xây dựng các nhà máy rải rác trên những vùng có nhiều phế thải sinh học. Mỗi nhà máy có thể sản xuất ra lượng nhiên liệu thay thế năng lượng của 100.000 tấn dầu/năm. 30 nhà máy dạng này có thể tạo ra nhiên liệu thay thế năng lượng của 30 triệu tấn dầu/năm, tức là giúp giảm 10% tổng lượng tiêu thụ xăng dầu mỗi năm, trong khi tạo được 50.000 – 90.000 việc làm. Sơ đồ này có thể nghiên cứu áp dụng cho Việt Nam để vừa tự chủ năng lượng, vừa phát triển kinh tế, vừa giải quyết được vấn đề rác thải.
Cuộc chạy đua sản xuất nhiên liệu sinh học thứ hai đã bắt đầu ở các nước như Brazil, Mỹ, Đức, Anh và mới đây Nam Phi, Ấn Độ… Việt Nam không có điều kiện thuận lợi để phát triển nhiên liệu sinh học thế hệ thứ nhất vì nước ta đông dân và không có nhiều đất đai như Brazil, hay Mỹ,… nhưng có nhiều điều kiện để phát triển nhiên liệu sinh học thế hệ hai vì là nước nông nghiệp và nhiều rừng nên có nhiều phế thải hữu cơ, và phế phẩm nông nghiệp, vốn là nguyên liệu của thế hệ nhiên liệu sinh học mới. Vấn đề chỉ là chúng ta có quyết tâm phát triển không?
Vấn đề khác cần được nói đến là khai thác các dạng năng lượng sạch. Ngày nay, tất cả các dạng năng lượng sạch chỉ chiếm 0,26% tổng số năng lượng tiêu thụ trên thế giới. Nhưng Đan Mạch đã phát triển năng lượng gió, mặt trời đạt tới tỷ lệ 20% (năm 2005) và có mục tiêu lên tới 29% vào năm 2010. Ở Đức, năng lượng có thể tái tạo cũng đã đạt tới tỷ lệ 9% tổng số năng lượng tiêu thụ. Đan Mạch là minh chứng cho thấy nhân loại có thể dùng các nguồn năng lượng thay thế dầu mỏ. Đó là con đường sớm muộn nước nào cũng phải đi qua. Việt Nam có nhiều ưu thế vì vị trí địa lý đặc thù cho phép ta khai thác tốt cả năng lượng gió, ánh sáng mặt trời và sinh khối. Có thể nói, những dạng năng lượng này có sẵn ở Việt Nam, và đang chờ bàn tay và chất xám của nguời Việt chuyển hoá thành điện phục vụ người dân.